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特偵組前身為台灣高等法院檢察署「查緝黑金行動中心」 ，為查緝國家元首、中央政府官員與軍事將領涉貪瀆及國家重大刑事案件，2007年4月在最高法院檢察署成立特設單位，該組之檢察官、檢察事務官及其他人員，由檢察總長自各級法院檢察署中調至最高法院檢察署辦事，被認為是「東廠」。

特偵組每辦案子，就成為立委質詢焦點。檢察總長陳聰明任內，特偵組將前總統陳水扁起訴，監院立刻以糾正案方式要求偵辦主力朱朝亮、吳文忠檢察官離開特偵組，原查黑中心成員也幾乎全部撤離，特偵組偵辦首都圈政經犯罪的步調，在政治操弄中，受到挫折。

之後，檢察總長黃世銘任內，特偵組偵辦立法院長王金平及立委柯建銘關說案，本來正當的偵查動作，因總長夜奔緦統府，捲入九月政爭，特偵組不僅未能偵辦相關犯罪，黃世銘還因此還監察院彈劾並被起訴判刑下台，而這些特偵組承辦檢察官也撤退歸建，並不斷遭到監察院調查彈劾、檢察官評鑑懲處追究。

特偵組的成立原本意在中立執法、人民對抗權貴最後的防線，它的存廢是可討論的話題，但若以政治顏色判讀，恐怕永遠難以寄望正義的司法。